Les Messerschmitt 109 D-1 sont immatriculés de J-301 à J-310 et les Me 109 E-3 immatriculés de J-311 à J-390. Tous ces appareils sont livrés avec les marques helvétiques peintes directement à l'usine Messerschmitt.

Les 109 D-1 sont entièrement vert R.L.M. 70 pour les surfaces supérieures et R.L.M. 65 pour les surfaces inférieures.

Les Me 109 E-3 codés de J-311 à J-340 ont un camouflage supérieur composé de deux tons de vert R.L.M. 70/71 dont les séparations ne sont pas toujours facilement repérables sur les documents existants. Les surfaces inférieures sont en R.L.M. 65.

Ils portent leur code radio peint en blanc de grandes dimensions sur le fuselage. La lettre J pour Jäger désigne un avion de chasse. Les cocardes d'ailes extrados et intrados sont rondes et le drapeau de gouvernail couvre la partie supérieure de la gouverne.

Lors du passage dans les ateliers des Me 109 E-3 pour y adapter un armement helvétique, ces appareils sont partiellement repeints aux emplacements où sont effectuées les modifications nécessaires. Comme le démontre le J-317 vu à Payerne, dont une partie du camouflage deux tons apparaît quelque peu entamé.

A partir du J-341 jusqu'au J-390, tous ces avions sont livrés avec une teinte unique pour les surfaces supérieures R.L.M.70. et toujours R.L.M. 65 pour l'intrados. Ceci s'explique par le fait que les suisses, devant équiper tous leurs Me 109 E-3 en armement, ils demandent au constructeur de ne plus livrer les avions avec un camouflage composé, mais avec une seule teinte, évitant ainsi un "bariolage" de leurs appareils en sortie d'ateliers.

Pour les 109 construits en Suisse de J-391 à J-399, ils sont peints de façon identique mais la dénomination helvétique des peintures leur est propre, à savoir KW 2 équivalent au R.L.M. 70 et KW 1 pour le R.L.M. 65. KW étant l'abréviation de K+W correspondant à Kronstruktionswerkstatt (atelier de construction) installé à Thoune.

Au début de l'été 1940, devant l'imminence du conflit mondial, le Commandement des troupes d'aviation suisse décide de revoir les marquages d'identification de ses avions.

De ce fait, sur les D-1 et E-3, on remarque l'apparition d'une large bande rouge de fuselage dans laquelle est apposée la croix blanche helvétique.

Le code radio est reporté plus à l'arrière du fuselage dans des dimensions plus réduites. Les ailes conservent leurs cocardes rondes d'extrados, mais pour un meilleur repérage par les troupes au sol et la D.C.A., les cocardes inférieures sont remplacées par de larges bandes similaires à celles du fuselage.

Le drapeau de gouvernail remplit toute la gouverne de direction. Les Me 109 D-1 et E-3 volent avec ces marques jusqu'à la mi-septembre 1944.

Suite à l'incident du 5 septembre 1944 où deux Messerschmitt 109 E-3 sont abattus par des Mustang américains, une nouvelle directive entre en vigueur, le 16 septembre 1944, reproduite ici intégralement :
Jusqu'à nouvel avis, les avions de guerre suisses porteront non seulement les emblèmes nationaux normaux, mais encore des bandes de couleur qui doivent permettre de les reconnaître plus facilement. Les bandes rouges et blanches seront peintes à côté des emblèmes nationaux au-dessus et au-dessous des ailes, ainsi que des deux côtés du fuselage. Le capot moteur, les extrémités des ailes et plan fixes horizontaux seront peints en blanc.

Un essai est réalisé sur le J-371 comportant trois bandes blanches et deux bandes rouges étroites, mais ce schéma n'est pas adopté car seul cet appareil porte une telle livrée. Ces bandes testées sur cet avion n'ont pas été retenues probablement du fait de leur trop grande similitude, en vol et vu du sol, avec les bandes de débarquement noires et blanches des appareils alliés.

Les marques d'identification choisies et appliquées sur tous les avions de guerre ont seulement deux bandes blanches et une rouge plus simples et plus larges. Les extrémités des plans horizontaux blancs ont une forme de demi-lune.

Les huit Me 109 E-3 construits en Suisse et immatriculés de J-391 à J-399 sortent des ateliers avec ces bandes de neutralité.

A la démobilisation, les appareils conservent ces bandes d'identification, mais au fur-et-à-mesure des révisions, on supprime les bandes de fuselage et le capot moteur est repeint en vert. Tous les Me 109D-1 et E-3 seront ainsi ferraillés.

Lors de leur arrivée en Suisse, les Me 109 G sont camouflés au standard de la Luftwaffe soit : les teintes de gris R.L.M. 74/75 pour les surfaces supérieures et le R.L.M. 76 pour l'intrados. Cette même teinte constitue la couleur de fond du fuselage sur lequel est apposée en partie supérieure les R.L.M. 74/75. Les flancs sont mouchetés de R.L.M. 74/75 et 02. Ces avions portent les croix allemandes et leur code radio d'usine en noir. Les Gustav sont rapidement repeints. Leurs flancs de fuselage sont partiellement remouchetés pour y supplanter la bande rouge à croix suisse et le code radio en blanc de dimensions réduites vers l'empennage.

On remarque, sur l'extrados des ailes, d'immenses tâches foncées, probablement vertes, à l'emplacement des croix allemandes. Les cocardes rondes helvétiques n'étant pas à la même place. Les cocardes d'intrados apparaissent sous la forme de larges bandes rouges avec la croix suisse. Ces Me 109 G sont immatriculés de J-701 à J-712.

Lors de la mise en application des marques de neutralité, quelques mois plus tard, les Me 109 G n'échappent pas à la directive du 16 septembre 1944.

Les deux Me 109 F-4Z internés, le 25 juillet 1942, sont camouflés selon le standard Luftwaffe soit: R.L.M. 74/75/76. En 1946, ils sont immatriculés J-715 et J-716 et portent les emblèmes suisses. Malheureusement, on ne connaît aucune photographie confirmant ces faits.

Le Messerschmitt 109 G-6 codé RU+OZ interné à Samedan, le 29 mars 1944, arbore une livrée entièrement R.L.M. 76 utilisée par les ateliers de réparations de la Luftwaffe. D'après un mauvais document retrouvé, il est repeint d'un camouflage deux tons de type R.A.F. avec les teintes KW 2/KW 1 et immatriculé J-713.

Le 17 décembre 1944, un Me 109 G-14 codé "<2+I noir" bordé de blanc se pose en urgence à Affeltrangen. Cet avion est camouflé en R.L.M. 74/75 avec un mouchetage composé de ces deux teintes plus quelques tâches de 02 ou 70. L'intrados est en R.L.M. 76. Il est repeint avec les teintes et les emblèmes helvétiques puis immatriculé J-714, sans que nous puissions montrer une photographie de cet appareil.